Poszczególne enzymy charakteryzują się określoną dla siebie specyficznością i nie ma
większego znaczenia, czy substratem jest np. glikogen czy skrobia. Przykładowo
amylaza (występuje w przewodzie pokarmowym człowieka) rozkłada wiązania α-glikozydowe w cukrach, zaś enzym
anhydraza węglanowa (występuje głównie we krwi) stanowi katalizator wyłącznie między
wodą i dwutlenkiem węgla. Dawniej używano nazw zwyczajowych enzymów, jednak aby uniknąć
nieporozumień, zaproponowano podział enzymów na sześć głównych klas, a głównym kryterium był
rodzaj przeprowadzanej reakcji. Klasy te to: oksydoreduktazy,
transferazy, hydrolazy, liazy,
izomerazy, ligazy.